マーダビィはネオシャドウを結成し、悪の企みを実行すべく動き出した。一方のヤマトたちはというと訓練に精を出す毎日。しかしそこへボロボロの姿で現れたウェン＆リー兄弟に、何とマーダビィが動き出したことを知らされる。企みの内容を聞き、倒しに行こうとするヤマト。アルマーダは正体の知れぬ相手に無理は禁物と止めるが、結局夜中にヤマト、グレイ、ツバメ、ブルの四人は示し合わせて旅に出てしまうのだった。
　そして色々あって辿り着いたルチャトゥーン。ここを支配するネオシャドウのイケメーンにヤマトはバトルを挑む。果たして勝負の行方は？そして後に残されたミエとリエナたちはどうするのだろうか……？