ネオシャドウは遂に世界侵略を開始した！その先頭に立つビアスの手には邪悪なビーダマン“メガディアブロス”が握られ、倒したビーダーの魂を奪い、石にしてしまうのだ。ツバクラの里から伝令を受けたヤマトたちは急ぎウィナーズ会場へと向かう。そこにはネオシャドウと戦うため、多くのビーダーが集まり出撃しようとしていた。だが、その裏をかくように小さな村が襲われ、ヤマトたちが助けに向かうことに……。
　ヤマトたちを出迎えたのはビアスその人だった。ヤマトは果敢に勝負を挑むが、メガディアブロスとビアスの力は圧倒的で、奮戦空しく敗れてしまう。石になりかけるヤマト。だが、その時意外な現象が起こった！？