Ｂ−デウスはアキュラスを手中に収めるべく次なる刺客、タランテラを送り出そうとしていた。一方、特訓に明け暮れるヤマトたちと過ごすアキュラスはこれまで無かった賑やかさに慣れないながらも、それを心地よく感じて始めていた。しかし疲れを癒すべく温泉に浸かっていた時ブルが人知れずさらわれてしまう。一人気付いたアキュラスは単身助けに行くが、そこには数々の罠が！
罠を突破したアキュラスに、タランテラは凄腕ビーダーをぶつける。操り人形と化した相手にビー魂を思い出させようとするアキュラス。タランテラはそれを逆手にとり遂にアキュラスを捕らえてしまった！
Ｂ−デウスに奪われたアキュラスは、恐らく先祖であるルプス族の遺跡に連れて行かれたはずだとシンは予測する。そこは正に世界の裏側とも言える場所。それでもアルマーダの制止を振り切ってヤマトたちは旅立つ。そんな中でグレイに残るよう言われるリエナ。
一方ベアーズも自分に出来る事をするべくマシンの制作に精魂を込める。だが、Ｂ−デウスの刺客インディカスとその配下が遺跡を目指すヤマトたちの行く手を阻むのだった！配下の連携プレーと偵察マシンを操るインディカスの前にピンチに陥るヤマトたち。そこへリエナの一撃が偵察マシンを撃破する！そして更に現れる助っ人。それは新マシン・ヴァリアブルカイザーを携えた炎呪だった！
ルプスの遺跡目指す一行。しかし大喰らいのヤマトやガンノスが居て手持ちの食料が足りる訳もなく、腹ペコでワライダケまで食べる始末。幸いツバメの修行の成果か、ビーダマンも活用した食料調達のおかげで何とか急場を凌ぐ事が出来たのだった。そんな中で何者かの気配を感じ取るツバメ。しかし姿は見えず……。その先の分岐は近道と、回り道の２つ。ツバメは近道にイヤな気配を感じるも先を急ぐヤマトと喧嘩になってしまう。
結局近道を選びツバメと別れたヤマトたちだが、姿を見せず忍び寄るＢデウスの刺客カマエレオンの前に全員が捕まってしまう。助けに現れたツバメも苦戦を強いられる。果たしてツバメは皆を救えるのだろうか！？
それは旅の途中にある村。しかし立ち寄ろうとする皆をガンノスは必至に止め、先を急ぐよう促す。まるで石器時代を思わせるこの村、実はガンノスの故郷だったのだ。
結局、苦手なハナに捕まったガンノスは勢いでウィナーズに優勝した事にされてしまい、村の英雄として祭り上げられ、挙句長老にハナと結婚させられる事に。ヤマトたちはこの状況に複雑な心境ながら、今更嘘でしたとも言えないガンノスに協力する羽目になる。
しかしキクに誤解され、更にはハナとの結婚式に乱入したＢ−デウスの刺客ヤギビーダーとその手下をヤマトたち本当の実力で撃退した事から、ガンノスは自ら真実を明かし、改めてウィナーズ優勝を誓うのだった。
炎上するＢファクトリー。それはＢ−デウス最高幹部エクウスとフェレス、双子の手によって壊滅させられていた。アルマーダを始めミエ、リエナ、ベアーズは辛うじてその場を逃れキャットカフェワゴンで脱出する。その様を見て楽しげなボスマスター。
一方、旅の空の下では己の腕を更に磨くべく訓練するグレイの姿があった。そしてヤマトもまたグレイに付き合う。だが、その時突如現れたエクウスとフェレスが彼らに襲い掛かった！ツバメとガンノスが倒れ、ヤマトとグレイが応戦するも、双子の恐るべき連携の前に敗北寸前まで追い込まれてしまう。だが、リエナとの約束を思い出したグレイは冷静さを取り戻し、ヤマトと起死回生の策を実行する！
