砂嵐の荒野を進むが、前回の戦いで傷つき疲れ果てた状態のヤマトたち。ボスマスターはそれをスパイメカで捉え監視していた。そしてヤマトたちの苦しむ様をアキュラスに見せ付ける為、次なる刺客を送り出す。何とそれはハジャ！ 相変わらずのわがままっぷりでエクウスたちと揉めながらも、ジンベエや怪人ビーダーを引き連れてヤマトたちを襲撃するハジャ。その卑怯な手口の前にヤマトたちは徐々に追い詰められていく。
辛うじて難を逃れたヤマトはハジャを取り押さえ、ボスマスターの野望を聞かせて改心を促すのだが、ハジャは一度は納得したように見せかけながら、逆にその方が面白いとばかりにヤマトをだまし撃ちにするのだった！
アキュラスに最凶最悪のストライクショットを作らせない為、せめて普段は元気な姿を見せようとするヤマト。やがてその行く手に海が現れる。Ｂ−デウスの本拠地は、これを越えた先にあるのだが、船も無く海にはサメもどきのモンスターが。万事休すかと思われたがちょうど干潮で潮が引き、対岸まで通じる道が現れた！ここぞと道を進むヤマトたち。しかしそこへＢ−デウスの刺客としてブラックローズ三姉妹が立ち塞がった！！
持ち掛けられたビーバトルを受けるも、濡れた砂場に足を取られ大苦戦を強いられるヤマトたち。時間が経ち潮が戻り始め、いよいよピンチに。だが新たなビーダマンを手にウェンとリーが助っ人に現れるのだった！
デスカートリッジの恐るべき性能に、今のヤマトは太刀打ち出来ない。そこでヤマトとグレイはウェンとリーの見せたＷトルネードショットを習得すべく特訓を始める。が、ヤマトもコバルトブラスターも傷を負ったままでは成果を出せない。そんな中、辿り着いた崖の吊り橋にはバトルフィールドが。Ｂデウスは此処にも刺客を送り込んでいたのだ！しかも相手はヤマトたちのデータを知り尽くしている。
スパイメカを破壊したウェンとリーはヤマトたちを別ルートに逃がし刺客と戦うが、足場の悪さもあって全ての技を封じられリーも負傷してしまう。しかし起死回生、２つのマシンを合体させウェンは猛反撃に出る！！
ようやくＢ−デウスの本拠地に辿り着いたヤマトたちは、ツバメの作戦でヤマトとガンノスが正面から攻撃を仕掛けグレイとツバメが内部に潜入する事に。しかし入口を開く制御室には怪人クインビーガーが。その特殊な戦い方に苦戦するグレイとツバメ。一方ヤマトたちも多勢に無勢、遂に追い詰められてしまう。
そこへ援軍に来たキバのおかげでクインビーガーを退けるも、続けてデスカートリッジを備えたハジャ軍団が現れる。恐るべき連射の前に手も足も出ないヤマトたちに今度は空からの援軍、キャットカフェワゴンから新兵器、カートリッジ連射トリガーが与えられる!
しかしハジャを退けても本当の危機はまだこれからだった！！
凄まじい実力を持つビーダー、アステカ仮面を攻めあぐねるヤマトたち。だが不利を承知でキバとブルは足止めを買って出た。そして次に現れたのはハジャ！ ビー大砲の連射に追われるヤマトたちだが、訪れたチャンスに一斉反撃しここも突破する。が、ハジャの仕掛けた罠を止めるためガンノスが残ることに。先を急ぐヤマト、グレイ、ツバメの行く手を遮るのは底の見えない巨大な谷。一本橋を渡る３人に前後左右から敵が迫る！！チームワークで敵を退けこの場をツバメに任せたヤマトとグレイの前に、遂にエクウスとフェレスが姿を現した。しかし強敵を相手に足止めされまいとグレイは一計を案じ、ヤマトを先に行かせるのだった……。
