ようやくＢ−デウスの最深部に辿り着いたヤマト。しかしそこに居たのは怒りや憎しみの感情によって狂戦士と化したアキュラスだった。ヤマトを倒そうと姿を見せた怪人ビーダーさえ見境なく倒す彼を見たシンはヤマトに逃げるよう勧める。ヤマトはそれを頑として聞き入れずアキュラスの心を取り戻そうと戦うが、狂戦士アキュラスの力の前に何度となく吹き飛ばされコバルトブラスターもろともボロボロに。
そしてダークステルス弾の前に遂に意識を失うヤマトだが、夢で仲間達から激励を受け復活。ステルスドライブ弾で勝負に出た！果たしてアキュラスは正気を取り戻し、Ｂ−デウスのアジトも壊滅したのだが……。
Ｂ−デウスのアジト壊滅と共に現れた空中戦艦。そしてその上で勝ち誇るボスマスターたち。その手には最凶最悪のストライクショット『アルティメット・ガディウム弾』が！
それを見たアキュラスは後悔を胸に戦艦にショットを撃ち放つが、突然倒れてしまう。必殺球を産み出す事は彼の魂を削る事でもあり、そのダメージが出たのだ。それを止め友情を確認し合うヤマトたち。だがその目前でボスマスターの真の目的が明かされた！
かつてルブスの民を襲い、封印された悪しき存在「ゲルデウザー」をアルティメット・ガディウム弾で復活させたのだった。ボスマスターの体に憑依し、圧倒的なその力を発揮するゲルデウザーを前にヤマトたちはこの世界を守れるのか？
ヤマトの挑戦を受けたボスマスターは、世界中に対してビーダワールドを賭けた史上最大のバトルが始まる事を宣言した。驚きに包まれる人々。一方ヤマトたちはゲルデウザーの恐るべき力、そして世界を賭けた戦いをその肩に背負う重みをひしひしと感じていた。その重圧を跳ね返すためにも互いに切磋琢磨するグレイたち。ブルやベアーズも万全を期すためにパーツ制作に余念がない。
しかしそれを見つめるアキュラスは世界の危機を招いてしまったことに責任を感じ自分でそれを挽回したいと願うが、その体はもうボロボロだった。ヤマトはそんな彼を支える。アキュラスはもう一人ではないのだと。そして遂に戦いの朝が明ける！
決戦を前に気を引き締めるヤマトたちを、既に負ける要素など無い戦いとばかり上から見下ろすボスマスターたち。決戦は５ｖｓ５で先に３勝した方が勝ちとなる。ヤマトたちの先鋒は……何と炎呪自ら名乗りを上げた。一方のボスマスターはハジャを送り出す。相変わらず自分のペースでふざけた態度を崩さないハジャだが、炎呪はそれに惑わされる事なくハジャを圧倒し、瞬く間に決着寸前まで持って行く。
が……そこでハジャは、何とキアを人質として拉致し、炎呪の最後の攻撃を封じてしまう。非情に徹しようとしつつも撃てない炎呪。だが、絶体絶命の危機に叫んだキアの言葉が炎呪を動かし、必殺のブラックドライブ弾がハジャを打ち破った！
初戦を落としながら動じないB−デウス。次の舞台は底なし穴の上で浮遊するボードを足場に戦うデビル・キャニオンステージ！ 空中戦ならばと次鋒に名乗りを上げたエクウスに、我もと噛み付くフェレス。ボスマスターは敢えてフェレスを選ぶ。一方ファイヤースピリッツチームからは決意の表情でツバメが出陣！試合開始から圧倒的に攻めるフェレスの隙を冷静に伺うツバメ。それはエクウスへの過剰なまでの敵対心が生む致命的な隙だった。
その一瞬を捉え見事一撃を加えたツバメをビーデウスは姑息な仕掛けで一転窮地に追い込んでしまう。だがツバメは諦めず最後の賭けに出る。それはアキュラスに再び戦う力を取り戻させる為でもあったのだ！！
